V únoru 1998 osvěžil vzhled řady Felicia velký facelift, navenek patrný hlavně sjednocením designového jazyka širokého sortimentu značky Škoda. Tvar předních světlometů i masky chladiče již připomínal větší model Octavia. V červnu 2001 se působivá kariéra automobilů Škoda Felicia úspěšně završila, celkem vzniklo 1 401 489 exemplářů. Následníkem se stal mimořádně zdařilý model Škoda Fabia, vyráběný od roku 1999.