Chystá se něco zlověstného, Vrby mizí z Pohádkové země a královna víl žádá Silk, aby vyhledal čarodějnici Natu de Cotton o pomoc. Cotton je ochotná pomoci svému starému příteli a vydat se společně za dalším dobrodružstvím.

Cotton Fantasy se hraje podobně jako předchozí hry v sérii. Kromě tradičních levelů se side-scroling mechanikou má hra také úrovně jako v Panorama Cotton a Rainbow Cotton. Mechanika Jewel Fever z Rebootu byla přepracována a předměty nyní z nepřátel vypadávají, kdykoli jsou zasaženi magickými kouzly.