Cesta samuraje bez pána vedoucí k osvícení je plná nebezpečí, některých zcela zjevných, některých sotva zachytitelných koutkem oka. Během svých cest po Japonsku šestnáctého století se Miyamoto Usagi zaplétá do série událostí propojených temnými, smrtícími tajemstvími: potkává mladého samuraje, který kráčí ve stopách svého hrdinského otce, dostane se do vesnice, kterou sužuje nadpřirozený zabiják provázený chytlavou melodií, převypráví dětem klasický příběh z japonského folklóru, zúčastní se spolu s inspektorem Ishidou vyšetřování záhadných vražd ve dvou detektivních případech a zaplete se do zlověstného spiknutí majícího za cíl ovlivnit následnictví na trůn místního lorda. Šedé stíny jsou směsí vzpomínek, záhad a zrady.